Đại hội XVI Công đoàn Nghệ An tổ chức từ ngày 19 - 20/6/2008 tại Nhà Văn hoá lao động tỉnh.

Mục tiêu: "Tiếp tục xây dựng giai cấp Công nhân Nghệ An phát triển nhanh về số lượng, nâng cao chất lượng, có bản lĩnh chính trị vững vàng, có trình độ học vấn và nghề nghiệp, xứng đáng là lực lượng đi đầu trong sự nghiệp công nghiệp hoá, hiện đại hoá quê hương đất nước; xây dựng khối liên minh công - nông - trí thức vững mạnh, vận động CNVCLĐ và đoàn viên công đoàn tích cực thực hiện quy chế dân chủ cơ sở, tham gia cải cách hành chính, chăm lo bảo vệ quyền và lợi ích chính đáng, hợp pháp của người lao động; đẩy mạnh tuyên truyền, vận động để phát triển đoàn viên và thành lập công đoàn, đổi mới nội dung, phương pháp hoạt động, xây dựng tổ chức công đoàn vững mạnh, tham gia xây dựng Đảng, nhà nước vững mạnh; tổ chức các phong trào thi đua sôi nổi, rộng khắp, thiết thực và hiệu quả, góp phần thực hiện thắng lợi nghị quyết đại hội Đảng bộ tỉnh Nghệ An khoá XVI"

Khẩu hiệu:  "Đổi mới sáng tạo hoạt động Công đoàn vì quyền, lợi ích của người lao động, vì sự phát triển bền vững của quê hương, đất nước".

Đại hội bầu 41 đồng chí vào Ban Chấp hành. Đồng chí Vũ Thị Mai Duyên được bầu làm Chủ tịch; các đồng chí Nguyễn Tử Phương, Lê Văn Đào và Phan Thị Bon được bầu làm Phó Chủ tịch.

- Tháng 10/2009, đồng chí Vũ Thị Mai Duyên nghỉ hưu.

- Tháng 1/2010, đồng chí Phạm Văn Tấn - Tỉnh ủy viên, Bí thư Đảng ủy huyện Quỳnh Lưu được bầu làm Chủ tịch Liên đoàn Lao động tỉnh. Đồng chí được bầu vào Hội đồng nhân dân tỉnh nhiệm kỳ 2011 - 2016 và Quốc hội khóa XIII. Đến tháng 8/2011, đồng chí được điều động làm Phó đoàn Đại biểu Quốc hội tỉnh.

- Tháng 8/2011, đồng chí Phạm Anh Tuấn, Tỉnh ủy viên, Bí thư Đảng ủy khối Doanh nghiệp được bầu làm Chủ tịch Liên đoàn Lao động tỉnh